Modernú éru firmy Ducati a základ jej obrovských úspechov na majstrovstvách super-motocyklov v 90. rokoch založil roku 1987 model 851. Bol to ešte vidlicový dvojvalec, ale so štyrmi ventilmi v hlavách valcov (pravdaže, s desmodromickým rozvodom) a vstrekovaním paliva, s vodným chladením a šesťstupňovou prevodovkou. Prvé preteky potvrdili, že je tu Ducati konečne schopný vyrovnať sa rýchlosťou štvorvalcovým japonským strojom. Už v apríli 1988, pri svojom pretekárskom debute, vyhral model 851 prvé preteky nových majstrovstiev sveta supermotocyklov (World Superbike Championship - WSB).
Na jednom z týchto strojov zvíťazil Raymond Roche roku 1990 na WSB. Pretekárske Ducati hrali na WSB čoraz dominantnejšiu rolu a to sa prejavilo aj na cestných verziách. Súťažné úspechy sa na nich prirodzene odrážali a Ducati bol na vzostupe. Tak povedzme model 888 SPS z roku 1992 bol čistou pretekárskou replikou s kabronfibrovou palivovou nádržou, so sedadlom, s tlmičmi, s kotúčovými brzdami Bremo zlatej série a so zvýšeným výkonom. Dosahoval maximálnu rýchlosť 260 km/h.
Tento trend pokračoval modelom 916, ktorý nahradil 888. Číslo 916 sa za neveľa rokov stalo rovnako známym, ako bývali Mach 1 a SS. Bol to prakticky výsledok ďalšieho vývoja modelu 888 s objemom zväčšeným na 916 cm³. Vo forme SP mal dva injektory na valec, titánové ojnice a proklamovaný výkon 98 kW pri 10 500 ot/. Viac pozornosti sa na ňom venovalo jednoduchšej obsluhe, vačkové hriadele nepracovali tak natvrdo a od roku 1995 mala táto verzia dvojsedadlo. Model 916 bol bezpochyby športovým motocyklom polovice 90. rokov, pod čo sa určite podpísali aj úspechy na WSB. V roku 1995 debutoval na ceste aj menší model 748 cm³. Nešťastné pokusy s modelmi Indiána a Paso firmu neodviedli od hľadania nových trhov. Názorným príkladom bol Monster z roku 1993. Vznikol z novej idey, ktorá v sebe niesla všeličo zo štýlu pirátov ciest. Od Ducatiho ideálu ľahkého, kompaktného vidlicového dvojvalca sa síce podstatne líšil, zato veľa nových dielcov nemal.Prakticky kombinoval rám modelu 888 s motorom 900 SS. V snahe zdôrazniť základný charakter, nemal ani otáčkomer! Monster bol taký úspešný, že k verzii 900 cm³ sa čoskoro pridali aj varianty 600 a 750 cm³.
Roku 1996 to však vyzeralo, že všetky úspechy vyjdú nazmar. Cagiva, ktorá sa vypracovala na najväčšieho talianskeho výrobcu motocyklov, mala sama finančné problémy. Neplatila ani dodávateľom a výroba Ducati upadala. Riešenie priniesol ďalší predaj firmy Ducati, tentoraz skupine amerických investorov Texas Pacific Group (TPG). Tá mala peniaze, ktoré Ducati potreboval a plán na podstatné zvýšenie produkcie na seba nedal dlho čakať. Roku 1996 Ducati vyrobil 12 500 motocyklov, ale TPG chcela do štyroch rokov zvýšiť výrobu na 40-tisíc kusov. Na dosiahnutie takého cieľa bolo treba rozšíriť Ducatiho trh. Základ položil nový športovo-turistický model ST2, ktorý mal prísť na trh roku 1996. ST2 v mnohom vychádzal z modelu 907, mal rovnaký vodou chladený dvojventilový motor, len s väčším vŕtaním na objem 944 cm³. V roku 1998 sa k nemu pridala štvorventilová verzia ST4, ktorou sa v 90. rokoch prakticky skompletizovala celá obnova Ducatiho supersportov 748 a 916 , športové modely SS, „nahý" Monster a športovo-turistické ST. Roku 1998 debutoval i nový supersport, ktorý navrhol Pierre Terblanche, no bol to skôr výsledok vývoja starých SS. Nie každému sa jeho nový dizajn páčil, ale nasledujúca polokapotovaná verzia sa už pokladala za krajšiu.
Ducati vlastnilo niekoľko skupín a spoločnosti:
(1926-1950) Ducati Family
(1950-1967) vláda, IRI manažment. V 1953 sa rozdelili na Ducati Meccanica- teraz Ducati Motor a Ducati Elettronica- teraz Ducati Energia
(1967-1978) vláda, EFIM manažment (1967-1973 pod vedením Giuseppe Montano, 1973-1978 pod vedením Cristiano od Eccher
(1978-1985) VM skupina
(1985-1996) Cagiva Group
(1996-2005) Texas-pacifick group (US vlastníctvo) a premena firmy na akciovú spoločnos
(2005-2008) Investindustrial Holdings (späť v talianskych rukách Carla a Andrei Bonomi)
(2008-súčastnosť) Performance Motorcycles SpA (zasa v talianskych rukách )